室內排水系統(tǒng)的任務是將自洗滌與衛(wèi)生器具和生產設備排除的污水以及降落在屋面上的雨水、雪水迅速排到室外排水管道中去，同時藥品生產的潔凈要求需防止室外排水管道中的有害氣體、臭氣、有害蟲燈進入室內，產生微生物污染，并為室外污水的處理和綜合利用提供便利條件，因此潔凈區(qū)域的排水系統(tǒng)也極其重要的。
醫(yī)藥工業(yè)所產生的污水有三類：
（1）生活污水包括衛(wèi)生潔具、洗手設施、淋浴設施等排出的污水；
（2）生產廢水是生產過程中所產生的污水和廢水，包括設備及容器洗滌用水、冷卻用水等；
（3）雨水包括屋面的雨水及融化的雪水。
室內排水體制一般采用分流制，生活污水、排水設計規(guī)范（TJ13-74）外，還必須遵守GMP的有關規(guī)定。采取的措施主要有：
（1）100級的潔凈室內不宜設置水斗和地漏，10000級的潔凈室應避免安裝水斗和地漏，在其它級別的潔凈室中應把水斗及地漏的數(shù)量減速少到zui低程度；
（2）潔凈室內與下水管道連接的設備、清潔器具和排水設備的排出口以下部位必須設存水彎或水封裝置；
（3）設在潔凈室的地漏，要求材質不易腐蝕（內表面光潔，例如不銹鋼材料），不易結垢，有密封蓋，開啟方便，能防止廢水廢氣倒灌，允許沖洗地面時臨時開蓋，不用時則將蓋蓋死，必要時還應根據(jù)產品工藝要求，灌以消毒劑消毒滅菌，從而可以較好地防止污染（現(xiàn)在國內已開發(fā)了這種醫(yī)藥工業(yè)的新型潔凈地漏）；
（4）質監(jiān)部門及生產上產生的酸堿廢水亦應設置管道，并采用PVC（塑料管或ABS工程塑料管，引至酸堿處理裝置。
總之，潔凈區(qū)域應盡量避免安裝水斗和下水道，而無菌操作區(qū)應避免。如需安裝的則設計時應考慮其位置便于維護、清洗，使微生物污染降低到zui小程度。