1、潔凈室氣流組織的設計
潔凈室的氣流組織與一般空調房間的氣流組織有明顯的不同，因為不但要考慮維持室內溫度、濕度的要求，還要考慮室內污染源擴散及維持生產環境潔凈度的要求。基本氣流流型有：單向流、非單向流、混合流等三種基本形式。
單向流：是從室內的送風側平穩地流向其相對應的回風一側，單向流能保證室內潔凈度較好，但是工程造價高和運行費用也較高。一般用于空氣潔凈度等級在1～5級的潔凈室。如：藥房、醫院、手術室等場所。
1、非單向流流型是以不均勻氣流分布方式，其速度方向在潔凈室內不同點是不同的，是實際應用中多的一種形式，采用下送風時，在實際工程中，一般設置送、回風口來彌補氣流分布不均勻的現象。一般用于空氣潔凈度等級為 6～9 級的場所。
2、將非單向流和單向流在同一潔凈室內組合使用的氣流形式及為混合流，一般用于室內需要空氣潔凈度嚴格的部位采用單向流，其它采用非單向流，這種型式可節省工程造價，又能夠滿足局部潔凈度要求較高的場所。
3、潔凈室在工程設計時應考慮維持室內一定的壓差，在工業潔凈室和一自然風光場所及維持正壓差，但對于有毒、有害氣體等污染較大的空間要維持負壓差。《潔凈廠房設計規范》中要求，不同等級的潔凈室以及非潔凈區與潔凈區之間的壓差應小于5Pa，潔凈室與室外的壓差應不小于10Pa。在工程中維持壓差的送風量確定多采用換氣次數法進行估算：換氣次數一般按下述經驗數據進行確定。
①壓差值為5Pa時，壓差風量相應的換氣次數為 1～2h。
②壓差值為10Pa時，壓差風量相應的換氣次數為 2～4h。
2、新風量、潔凈室送風量、回風量
（1）新風量的確定
潔凈室內的新風補充量主要有三方面因素：補充系統內排風所需的新風量Lp(m3/h)；維持系統靜壓差所需的新風量Lz(m3/h)；保證室內人員的新風需要 Lxr《潔凈廠房設計規范》中要求：室內人員新風量不小于40m3/h.人。
結合上述因素，潔凈凈化系統新風量 Lx＝∑Lp＋Lz 同時滿足≥Lxr的要求。
（2）潔凈送風量的計算
①工程中潔凈室送風量可按照換氣次數來進行計算：送風量=K×建筑空間體積
K 值為系數可從《潔凈廠房設計規范》中查取。
②潔凈室內消除余熱、余濕的送風量計算
余熱：送風量＝3600×總熱負荷/1.2×空氣處理前后焓差
余濕：送風量＝1000×總余濕量/1.2×空氣處理前后含濕量差
潔凈室送風量可取滿足上述要求所計算的大值。
（3）回風量
潔凈室的空調系統的回風量是該系統送風量與新風量之差，即：回風量＝送風量－新風量。
3、潔凈系統空調處理方案設計及計算
潔凈系統空氣處理方案有：一次回風式系統、二次回風式系統、全新風式系統三種。全新風系統多應用于不可利用的場所，在工程應用中采用全新風系統時，在系統中增加能量回收裝置，即將室內的排風在未排出室外前，與從室外引入的新風進行熱量交換，從而到節能，降低能耗。
潔凈室空調系統冷（熱）、濕負荷的計算與一般空調房間的熱濕負荷計算基本相同，可參考《空氣調節設計手冊》中的相關內容。