為了保證生產環境或其他用途的潔凈室所要求的空氣潔凈度，要采取多方面的綜合措施才能達到目標。這些綜合措施包括：
1)盡量采用產生污染物少的工藝及設備，或采取必要的隔離和負壓措施防止生產工藝產生的污染物向周圍擴散。
2)采用產塵少、不易滋生微生物的室內裝修材料及家具。
3)減少人員及物料帶入室內的污染物。
4)維持生產環境相對于室外或潔凈等級要求低的鄰室有一定的壓差，防止室外或鄰室的空氣攜帶污染物通過門窗或其他縫隙、孔洞侵入。
除采取上述相應措施之外，為使生產環境或其他用途的潔凈室內空氣環境控制在所要求的潔凈度范圍內，需要送入足夠量的經過處理的清潔空氣，以置換或稀釋室內在正常工作時所產生的污染物。
根據房間不同的潔凈度要求，用不同的方式送入經過不同處理的、數量不等的清潔空氣，同時排走相應量的攜帶有室內所產生的污染物的空氣，依靠這樣一種動態平衡，使家內空氣維持在要求的消凈度水平。由此可見對送入空氣的凈化處理是十分關鍵的一環。
如前所述，通常所指的空氣污染物主要有以下三類：
1)懸浮在空氣中的固態、液態粒子。
2)霉菌、致病菌等懸浮在空氣中的微生物。
3)各種對人體或生產過程有害的氣體。
制藥廠生產工藝中，懸浮顆粒和微生物是空氣凈化的主要對象。制藥廠生產工藝過型散發的乙醇、甲醇等揮發性溶劑的蒸氣或氣體，主要是采取新風、排風配合使其稀釋到允許濃度以下，以防止爆炸等情況發生，一般不另采取凈化措施。
前兩類空氣凈化方法，在制藥工業都可能用到。例如，固體制劑的許多工藝中，粉體在干燥狀態下進行處理，必然會產生粉塵。為防止擴散和污染空氣，產塵部位常采用局部排風措施。為了回收排風帶走的物料及防止污染室外大氣，通常排風要經過重力沉降室、靠離心力和慣性力使固氣分離的旋風除塵器和多管除塵器。有的還要設置布袋過濾器或其他形式的過濾器以阻留排風中更小的塵粒。空調送風系統及車間內要定期采用甲醛等消毒劑熏蒸或噴酒，可在非工作班車間采用紫外線燈照射等方式滅菌。
就潔凈空調而言，重要和使用廣泛的方式是空氣過濾法。送入潔凈室的清潔空氣，主要是靠送風系統各部位設置的不同性能的空氣過濾器去除空氣中的懸浮粒子和微生物。
根據在空調凈化系統中所設置的位置不同，空氣過濾器可分為預過濾器、中間過濾器或主過濾器及末級或終端過濾器。
預過濾器一般設計在新風入口或新回風混合處。主要過濾空氣中較大顆粒，如2μm以上的微粒。空氣通過濾材的風速較大，一般在1m/s以上。因以過濾大顆粒和濃度略大的空氣為主，又習慣稱之為初效或粗效過濾器；中間過濾器或主過濾器一般設置在凈化空調機組的后部位。對空調送風進入輸配系統前進行再次凈化處理，用于阻留空氣中較小粒徑(1μm以上)，在數量上也是相對較多的微粒。對于潔凈度級別不高的場所，選擇過濾性能較好的主過濾器，也就是說只有兩級過濾，通常也可滿足要求。如果潔凈級別要求高，可在其后設性能更高的過濾器，那么中間過濾器將起到保護終端過濾器和延長其使用壽命的作用。相對后面的過濾器，中間過濾器又被稱為前置過濾器，根據其過濾性能的特點，濾速一般在1m/s以下。就過濾效能而言，習慣上還稱這一級過濾器為中效過濾器。終端過濾器作為送入室內空氣的后凈化屏障，它通常設在送風口位置，也有的系統把它設在空調機組的末端。為避免管道輸配系統的二次污染，對于別潔凈室，終端過濾器設置在出風位置較合理。