浮游菌采樣器是一種高效的多孔吸入式微生物采集器。如果使用不當會影響設備的設備的實驗效果，在使用時應注意以下事項：
采樣器不能長期接觸腐蝕氣體、液體；采樣開始時，操作人員離開現場，以免人體上帶的菌抽入。采樣器應該充分清潔滅菌。如果清潔滅菌不充分，浮游細菌采樣器上的細菌脫落飛揚，就有可能增加采到的細菌數量，測定結果可能出現巨大的誤差。將流量調節到標準量值。氣體的流量關系到采樣速度。速度過大則撞擊的力度也大，速度過小則撞擊的力度也小，所以采樣前應將流量調節到標準量值。根據細菌濃度選取采樣時間。在氣體中細菌的濃度固定、氣體的流量固定的情況下，采樣的時間越長，培養皿中細菌的密度越大；采樣的時間越短，培養皿中細菌的密度越小。浮游菌采樣器搬動時，應避免過大振動，以防內部損壞。被測試潔凈室的溫、濕度須達到規定的要求:靜壓差、換氣次數、空氣流速須控制在規定值內。對單向流測試應在凈化空調系統正常運行不少于10 min;非單向流不少于30 min后開始。靜態測試時，室內人員不多于2人。采樣時測試人員應在采樣口下風側。測試人員應按無菌操作規程進行，須穿戴符合潔凈的潔凈服。采取一切措施防止采樣口的污染和其它人為對樣本的污染。浮游菌測試前，被測潔凈室應已經過消毒。