無菌凈化食品生產工廠的設計參考GB50457-2008進行，主要包括廠址選擇和總平面布置、工藝設計、工藝管道及設備、建筑、空氣凈化。分別闡述如下：
1、廠址選擇和總平面布置
（1）廠房所在地大氣含塵濃度、含菌濃度、含有害氣體的濃度低，且自然環境好。
（2）廠房選擇遠離交通要道、機場、鐵路、碼頭。
（3）遠離有大量粉塵和有害氣體的工廠、倉庫、堆場、嚴重空氣或水質污染的或振動和噪音干擾區域。如不能遠離這些地方，應位于其zui大頻率風向上風側。
（4）總平面布置考慮無菌凈化區域人流、物流盡量不穿越的地方，三廢處理、鍋爐等污染比較嚴重的應布置于全年zui大頻率風向的下風側。
2、工藝設計
（1）根據工藝流程進行設計，對空氣凈化潔凈等級要求相應的設備管道、氣流及凈化空調系統等。
（2）防止人流物流交叉污染，分別設置人流和物流進入生產區域出入口；對生產過程中造成污染的物料應設置出入口；分別設置人流物流進入無菌車間的前凈化室和設施；輸送物料通道與人流分開設置；在無菌凈化車間內物料傳遞路線盡量短。
（3）無菌凈化區域應靠近空氣調節機房布置，減少投資，節約資源。
（4）不同品種的產品不交叉生產。
（5）無菌衣服、鞋、儀器、設備等需要做相應的清洗、消毒、干燥等處理。
（6）人員凈化、物料凈化遵循相應的流程操作，物料凈化與生產的食品類別及其生產工藝流程不同，但人員凈化流程基本一致。
3、工藝管道及設備
（1）無菌車間盡量少管道，滿足食品生產工藝要求管道盡量短，不同用途的管道做不同的顏色標記。
（2）管道及接頭、閥門等配件應不吸附和污染介質，閥門應拆卸、清洗、檢修方便。
（3）加熱管道采用無縫碳鋼鋼管，上進下出，需要保溫。
（4）冷卻水管管道采用鍍鋅管密閉式水管鋪設地溝進出。
（5）管道設置內容物和流向應做標記。
（6）壓縮空氣管道采用無縫不銹鋼管或高壓ABS工程塑料管鋪設，上進下出。
（7）純水管道采用不銹鋼314或者316管道鋪設。
（8）污水排放管道采用大口徑耐壓工程塑料密閉式地溝鋪設。
（9）設備根據所生產的食品生產工藝需要配制相應的設備。
4、建筑
（1）滿足食品企業生產工藝流程、裝備、管道安裝、人流和物流作業要求。
（2）無菌凈化區域的凈化設計、裝修，便于維護。
（3）防火、疏散安全性要求。
（4）無菌凈化車間高度不低于4m，車間跨度大于12m為佳。
（5）無菌凈化區域的隔斷和吊頂要求氣密性好，拆除方便。
5、空氣凈化
空氣凈化對于處理達到30萬級對于目前食品企業zui大的問題是投資大、工程復雜。投資無菌凈化車間是大勢所趨，也是對我們老百姓吃上健康、安全、美味食品的zui有效保障之一。
（1）空氣凈化系統由空氣凈化、空氣調節兩部分組成。
（2）空氣凈化就是對送入無菌車間的空氣進行除塵、除菌，達到生產需要。
（3）空氣調節是對空氣溫度進行制冷或制熱、除濕或加濕調節。
（4）食品生產企業采用集中式空氣凈化處理，由送風、回風、排風系統包括靜音風箱、鼓風機、風管、消音器、風閥等管道送風和由鼓風機、新風除濕器、新風粗過濾器、初效過濾器、循環風機、中效過濾器、過濾器組成的空調過濾系統兩部分組成。
（5）無菌車間空調參數參考：夏季24~26℃，濕度55~65%；冬季18~20℃，濕度45~55%。
（6）制冷機組可以選擇風冷式制冷機組或者水冷式制冷機組，包括螺桿壓縮機組、水泵、水塔、膨脹水箱、循環水管、閥門、測量指示儀表等，主要作制冷或制熱作用。
（7）凈化空調箱由箱體、風機新風入口、新風過濾網、粗過濾器、回風口、冷交換盤管、蒸汽加熱或者電加熱盤管、中效過濾器、送風口、消音器等組成。
（8）紫外線殺菌燈的安裝和布置需規范。
（9）車間設計為2度傾斜以便排污及清潔，墻面應防潮便于清掃，地面有相應排污口。