按照ISO 14644-5的建議，需要對參與清潔工作的所有人員，制定一個專門的培訓計劃，而且清潔計劃中的各個部門都要指派專人負責。一般是由專業化的清潔人員負責潔凈室的全面清潔工作，而工作臺面、操作部位等，則指派經過適當培訓的潔凈室操作人員自行清潔各自所使用的范圍。
制定清潔計劃時，應該充分了解不同類型潔凈室表面的分類及其受污染的速率，所安排的清潔計劃及時間表應確保潔凈室保持所要求的潔凈度。應該了解潔凈室中的工藝和產品是在當日還是一周或其它時間間隔內完成的。這也影響到清潔計劃的制定。進行表面污染的測試和評估有助于清潔計劃時間表的制定。
1、清潔計劃的制定
ISO 14644-5“運行篇”對潔凈室清潔計劃的確定給出了如下建議：
（1）將潔凈室內的所有表面按關鍵、一般或其它表面進行分類。
（2）確定達到相應潔凈度級別要求的清潔和表面處理方法。
（3）確定每一種表面維持需要潔凈度水平所需清潔的頻率。
（4）確定在正常工作時間內可以完成哪種清潔作業。
（5）準備清潔工作日程安排表。
（6）確定安排表中哪些部分由潔凈室操作人員完成。
（7）按規定的方法選擇正確的材料、設備、清潔液和表面處理方法。
（8）按清潔計劃中的不同參與程度，對各種人員進行相應的培訓。
（9）為所需用的清潔材料提供適用的存放裝置。
（10）決定如何監測清潔的效果，以及對偏差如何處理。
（11）匯總全部相關文件和安排表，以便對清潔工作進行有效的審核和管理。
2、清潔的頻率和監測
大部分清潔工作都應按正規的時間安排定期、頻繁的進行，只有小部分清潔作業雖按正規的時間安排定期進行，但無需過于頻繁。有些清潔工作是針對污染產生的特殊情況來安排的，而不是按正常的時間表進行的。總體來說，清潔的頻率應符合潔凈室的需求，在實踐中要根據工藝的風險評定和清潔效果的評估進行必要的調整。清潔頻率可概括為以下幾種情況：
（1）每日清潔
一般區域按規定應每日清潔，即至少24h清潔一次。如氣閘室、更衣區至少每日清潔一次，這些場所人員活動高度頻繁，受到較嚴重的污染。因此，要求清潔的頻率高于潔凈室。這些地方要按規定方法進行真空吸塵和拖擦等清潔工序，以防止污染物遷移到潔凈室。
（2）定期清潔
不是每日清潔的表面應該定期清潔，例如每周一次或兩次。清潔時，產品可能需要覆蓋或從該區內移走。風險較小的表面可以安排較少的清潔次數，例如每個月或更長的時間間隔內清潔一次。例如潔凈室的某些墻面或頂棚，在清潔日程安排中也應列入計劃。還應在計劃中安排*清潔整個潔凈室設施的內容，其范圍應包括貯存區、服務區、管道和設備等的清掃工作，盡量安排在潔凈室較長時間停止生產的周末、假日或計劃內的生產設施停止期內進行。一般情況下，潔凈室都是連續運行的，能*清潔的次數一年中可能不多，更需要事先安排好，并做好人力與物質的準備，一旦生產設施停運，抓緊時間做好*清潔工作。
（3）緊急情況時的清潔
除了上述各種常規狀態的清潔計劃外，還應制定一套應急措施，并配備相應所需的工具、材料，以應對潔凈室在特殊意外情況下，突發大量污染時，不至于危及到正在進行的生產、工藝過程和潔凈室環境。在這種情況下，在可能有風險的區域內，生產應在暫停，直至清潔恢復到可接受的潔凈度水平。
可能需要特殊清潔的情況通常包括：
1）環境事故，如動力故障，主要設備故障、產品破損、生物危害物溢出等。
2）常規的清潔程序失效，導致潔凈室污染達到不可接受的水平。
3）監控儀器顯示潔凈室設施發生了不可接受的污染。
（4）監測及檢測清潔工作的有效性
潔凈室的設備、器具及其它表面，某些要求較高的潔凈室可能要求在清潔后進行潔凈室測試，由潔凈室用戶選擇合適的潔凈度檢測、驗證方法，由用戶確定能保證潔凈室的產品和工藝質量的可接受的潔凈度及其限制范圍。ISO 14644標準建議在可能時，應通過實際測量來確定限制。